Hay muchos factores que pueden alterar el equilibrio de la microbiota bucal. El consumo excesivo de azúcar, el uso de antibióticos, el tabaco, una higiene bucal deficiente, el estrés y la sequedad bucal pueden alterar este equilibrio. En particular, una dieta basada en el azúcar aumenta el riesgo de caries, ya que crea un entorno propicio para la proliferación de bacterias dañinas. Del mismo modo, las personas que sufren sequedad bucal constante tienen menos saliva y el efecto limpiador natural de esta se debilita, lo que puede alterar completamente la flora.