Există mulți factori care pot perturba echilibrul microbiomului oral. Consumul excesiv de zahăr, utilizarea antibioticelor, fumatul, igiena orală deficitară, stresul și gura uscată pot perturba acest echilibru. În special, o dietă bogată în zahăr crește riscul apariției cariilor dentare, deoarece creează un mediu propice dezvoltării bacteriilor dăunătoare. În mod similar, persoanele care suferă de gură uscată constantă au o producție redusă de salivă și un efect natural de curățare al salivei slăbit, ceea ce poate altera complet flora.