Ağız mikrobiyomunun dengesini bozacak birçok faktör bulunur. Fazla şeker tüketimi, antibiyotik kullanımı, sigara, yetersiz ağız hijyeni, stres ve ağız kuruluğu bu dengenin bozulmasına neden olabilir. Özellikle şekere dayalı beslenme, zararlı bakterilerin çoğalmasına uygun bir ortam hazırladığı için çürük riskini artırır. Aynı şekilde, sürekli ağız kuruluğu yaşayan kişilerde tükürük azalır ve tükürüğün doğal temizleyici etkisi zayıflar, bu da florayı tamamen değiştirebilir.